Ústav agrochemie, půdoznalství, mikrobiologie a výživy rostlin vznikl k 1. ledna 2005 sloučením Ústavu půdoznalství a mikrobiologieÚstavu agrochemie a výživy rostlin. V současné struktuře se dělí na 3 pracoviště::

  1. Pracoviště agrochemie a výživy rostlin,
  2. Pracoviště půdoznalství a 
  3. Pracoviště mikrobiologie.

Činnost Ústavu agrochemie, půdoznalství, mikrobiologie a výživy rostlin je možné rozdělit na část pedagogickou a vědecko-výzkumnou.

Pedagogická činnost

V rámci pedagogické části jsou pracovníci ústavu garanti celé řady předmětů vyučovaných napříč všemi programy Agronomické fakulty ve všech stupních studia. Kromě studentů mateřské fakulty zajišťuje ústav výuku na ostatních částech univerity, konkrétně na Zahradnické fakutě, Lesnické a dřevařské fakultě a Fakultě regionálního rozvoje a mezinárodních studií. Ve výuce se akademičtí pracovníci ústavu zaměřují na přípravu studentů a rozvíjení jejich vědomostí v předmětech zaměřených na půdní prostředí, výživu rostlin a mikrobiologii.    

Vědecko výzkumná činnost

Vědecko-výzkumná činnost ústavu je založena na řešení grantových projektů a operačních programů tuzemských poskytovatelů (zejména Národní agentura pro zemědělský výzkum, Technologická agentura ČR, OP VK, OP VVV) a mezinárodních projektů (např. OP ČR-Rakousko, INTERREG EUROPE), dále projektů smluvního výzkumu s řadou partnerů z praxe (mezi firmy patří např. AGROFERT; a. s., ELITA semenářská, a.s.; FERTISTAV CZ a. s.; Chemap Agro, s. r. o.; Klofáč, s. r. o.; Limagrain Central Europe Cereals, s.r.o.; Lovochemie, a. s.; PROJEKTY VODAM s.r.o.; SALIX Morava, a. s.; TIMAC AGRO CZECH s. r. o.; Yara Agri Czech Republic, s. r. o. aj.). V rámci vědecko výzkumné činosti pracovníci ústavu spolupracují s patrnery z řad univerzit, výzkumných oragnizací a orgánů státní správy nejen v tuzemsku (Agritec Plant Research s.r.o.; Akademie věd ČR, v.v.i.; Česká zemědělská univerzita v Praze; Ministerstvo zemědělství ČR; Ministerstvo životního prostředí ČR; Univerzita Karlova; Univerzita Palackého v Olomouci; Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně; Ústřední kontrolní a zkušební ústav  zemědělský; Výzkumný ústav pícninářský Troubsko; Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.; Výzkumný ústav zemědělské techniky, v. v. i.; ZERA, z.s., aj.), ale i zahraniční, jako např. Hochschule für Technik und Wirtschaft Dresden (D); ISA Lille (FR); Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre (SK); Uniwersytet Rolniczy (PL); Universität für Bodenkultur Wien (A); Universidad de Málaga (ESP) aj.