1951 Ústav mikrobiologie v rámci Ústavu botaniky: vedoucí Ústavu mikrobiologie: doc. Dr. Ing. Václav Káš. Vedoucí Ústavu botaniky: prof. PhDr. Rudolf Dostál.
1952 Katedra botaniky a mikrobiologie: vedoucí: prof. PhDr. Rudolf Dostál. Vyučující: doc. Dr. Ing. Václav Káš; Dr. Ing. Jaroslav Žák; Ing. Zdeněk Ambrož, CSc.; Ing. Maria Vágner Vybrané předměty: Mikrobiologie zemědělská
1953 Katedra botaniky: vedoucí: prof. PhDr. Rudolf Dostál. Vyučující: doc. Dr. Ing. Václav Káš; Dr. Ing. Jaroslav Žák (od 1951); Ing. Zdeněk Ambrož, CSc. (od 1952); Ing. Maria Vágner, CSc. (od 1952 aspirantura) Vybrané předměty: Mikrobiologie zemědělská
1956 Katedra botaniky a mikrobiologie: vedoucí: prof. Dr. Ing. Václav Káš, prof. RNDr. Jan Calábek Vyučující: doc. Dr. Ing. Václav Káš; Dr. Ing. Jaroslav Žák; Ing. Zdeněk Ambrož, CSc.; Ing. Maria Vágner, CSc.; prom. biol. Eva Šroubková – Langpaulová (od 1961) Vybrané předměty: Mikrobiologie, Mikrobiologie zemědělská, Zahradnická a technologická mikrobiologie
1967 Katedra zemědělské mikrobiologie: vedoucí: doc. Ing. Maria Vágner, CSc. Vyučující: doc. Dr. Ing. Jaroslav Podešva, CSc.; doc. Ing. Zdeněk Ambrož, CSc.; prom. biol. Eva Šroubková Vybrané předměty: Mikrobiologie, Mikrobiologie zemědělská
1971 Katedra půdoznalství a mikrobiologie: vedoucí: prof. Ing. Rudolf Vaculík, CSc.; doc. Ing. Alois Prax, CSc. (od 1990) Vyučující: doc. Ing. Maria Vágner, CSc.; doc. Ing. Zdeněk Ambrož, CSc.; Mgr. Eva Šroubková, CSc.; Ing. Bohumír Sedláček, CSc. (od 1982); Dr. Ing. Jaroslav Žák, CSc. (do 1981) Vybrané předměty: Mikrobiologie, Mikrobiologie zemědělská
1991 Ústav půdoznalství a mikrobiologie: vedoucí: prof. Ing. Alois Prax, CSc.; prof. RNDr. Marta Tesařová, CSc. (od r. 1997) Vyučující: prof. Ing. Maria Vágner, CSc.; Mgr. Eva Šroubková, CSc. (do 2004); Ing. Bohumír Sedláček, CSc. (do 1994); RNDr. Marta Tesařová (od 1991); Ing. Jaroslav Záhora, CSc. (od 1996); Ing. Anna Zenhulová (1991 – 1993) Vybrané předměty: Mikrobiologie, Technická mikrobiologie, Kvalita a zdraví půd
2005 Ústav agrochemie, půdoznalství, mikrobiologie a výživy rostlin: vedoucí: prof. Ing. Jaroslav Hlušek, CSc.; doc. Ing. Petr Škarpa, Ph.D.; doc. Ing. Pavel Ryant, Ph.D. Vyučující (přednášející): prof. RNDr. Marta Tesařová, CSc.; Ing. Jaroslav Záhora, CSc.; Ing. Libor Kalhotka, Ph.D.; Ing. Michaela Stroblová ( roz. Plšková) Ph.D.; Ing. Ivan Tůma, Ph.D.; doc. Mgr. Monika Vítězová (Szostková), Ph.D.; Ing. Jaroslav Hynšt, Ph.D. Vybrané předměty: Mikrobiologie, Kvalita a zdraví půd, Potravinářská mikrobiologie I a II, Zemědělská mikrobiologie, Mikrobiologie prostředí, Agricultural microbiology
2023 odděluje se potravinářská část mikrobiologie (doc. Ing. Libor Kalhotka, Ph.D.) a připojuje se k ústavu Technologie potravin